Azərbaycan Respublikasında hərbi məhkəmələr ümumi məhkəmə sisteminin tərkib hissəsi kimi müstəqil dövlətçiliyin ilk illərindən etibarən formalaşmağa başlamışdır. Konstitusiyaya və "Məhkəmələr və hakimlər haqqında" qanuna uyğun olaraq, hərbi məhkəmələr xüsusi statusa malikdir. Bakı Hərbi Məhkəməsi öz fəaliyyətini tam müstəqil şəkildə, qanunvericiliyə, ədalət mühakiməsinin prinsiplərinə və demokratik dəyərlərə əsaslanaraq həyata keçirir. Hakimlər tərəfsizliyi, obyektivliyi və yalnız qanuna tabe olmaq prinsipi ilə qərarlar qəbul edirlər.
Bakı Hərbi Məhkəməsinin yurisdiksiyasına aid olan işlərin dairəsi qanunvericiliklə dəqiq tənzimlənir. Məhkəmə aşağıdakı kateqoriyalardan olan işlərə birinci instansiya olaraq baxır:
Hərbi cinayətlər: Hərbi xidmət əleyhinə olan cinayətlər (məsələn, tabeçilik münasibətlərini pozma, hərbi xidmətdən yayınma, əmrə tabe olmamaq, hərbi əmlakı qəsdən zədələmə və s.).
Hərbi qulluqçuların ümumi cinayətləri: Hərbi xidmətdə olan şəxslərin törөtdikləri digər cinayət əməlləri (mülki şəxslərə və ya digər hərbi qulluqçulara qarşı törədilən hüquqazid əməllər).
Vəzifə səlahiyyətləri ilə bağlı işlər: Hərbi qulluqçuların və ya hərbi hissələrin vəzifəli şəxslərinin səlahiyyətlərini aşması və ya sui-istifadə etməsi halları ilə bağlı məhkəmə prosesləri.
Şikayət və müraciətlər: Hərbi qulluqçuların hüquq və azadlıqlarını pozan hərəkətlərdən (hərəkətsizlikdən) və ya qərarlardan verilən şikayətlərin qanunvericiliyə uyğun olaraq araşdırılması.
Bakı Hərbi Məhkəməsində işlərə baxılarkən tərəflərin bərabərliyi və çəkişmə prinsipi tam təmin edilir. İttiham tərəfi (hərbi prokurorluq) ilə müdafiə tərəfinin (vəkillər və təqsirləndirilən şəxslər) qanun qarşısında bərabər hüquqları qorunur. Məhkəmə iclasları qanunla nəzərdə tutulmuş hallar istisna olmaqla, açıq şəkildə həyata keçirilir ki, bu da cəmiyyətin ədalət mühakiməsinə inamını artırır və şəffaflığı təmin edir.
Silahlı Qüvvələrin və digər hərbi birləşmələrin şəxsi heyəti arasında qanunçuluğun möhkəmləndirilməsi, hərbi intizamın qorunması və hərbi qulluqçuların sosial-hüquqi müdafiəsi birbaşa Bakı Hərbi Məhkəməsinin fəaliyyəti ilə sıx bağlıdır. Ədalətli məhkəmə qərarlarının çıxarılması həm də gələcəkdə oxşar hüquqpozmaların qarşısının alınmasında preventiv (profilaktik) rol oynayır və hərbi qulluqçularda hüquq mədəniyyətinin yüksəldilməsinə xidmət edir.